הנהלת חשבונות הינה הבסיס לניהול הכספי של המלכ"ר. ביצוע הנהלת חשבונות לעמותות שונה מביצוע הנהלת חשבונות עבור עסקים וחברות.
הנה"ח לעמותה צריכה להיות ערוכה בהתאם לחוקים ולתקנות שונים, ישנם הוראות של מס הכנסה, רשם העמותות, החשב הכללי באוצר, משרדים ממשלתיים אשר תומכים במלכ"ר וכדו', ולכן רצוי שאת הנהלת החשבונות יערוך גוף אשר בקיא בכל החוקים הללו וירשום בהתאם את כל ההכנסות וההוצאות של המלכ"ר.
כל עמותה אשר מחזורה הכספי גבוה מ- 750,000 ₪ בשנה חייבת בניהול הנהלת חשבונות כפולה. חברה לתועלת הציבור (חל"צ) חייבת בניהול כפולה תמיד, גם אם מחזורה נמוך, וזאת מתוקף הוראות חוק החברות (והיא חייבת גם במינוי רואה חשבון מבקר).
בנוסף לרישום ההכנסות וההוצאות, ישנו רישום של כל השיקים אשר מוציאה העמותה, רישום סוגי התקבולים והתשלומים, התאמה בין חשבוניות הלקוחות/הספקים לתקבולים/תשלומים, רישום של כל דפי הבנק והתאמת כל שורה ושורה בו ועוד.
בשיטת הנהלת חשבונות זו ישנו מעקב הדוק בכל תנועת הכספים בארגון, בכל יציאה של כסף או כניסה שלו, ניתן לדעת האם כל התקבולים הופקדו, ולחלופין, האם כל השיקים שנתן הארגון נפרעו.
מחלקת הנהלת החשבונות של משרדנו בעלת ידע מקיף ורחב בתחום העמותות ובפיקוח מלא של רואי חשבון המתמחים בתחום.